Los hermanos Edward y Alphonse Elric viven en un mundo donde la magia y la alquimia existen y se pueden practicar. Después de la muerte de su madre, juntos tratarán de resucitarla a través de la alquimia. Pero algo sale mal y Edward pierde un brazo y una pierna, y el espíritu de Alphonse acaba relegado en una vieja armadura.
Para poder recuperar sus cuerpos deciden apuntarse al ejército de Amestris, en la división de alquimistas, para así poder seguir investigando sobre “la piedra filosofal” que puede devolverlos a la normalidad. Lo que no esperaban descubrir es que detrás de la piedra filosofal hay toda una conspiración escondida para destruir el mundo entero tal y como lo conocemos...
