En este manga de acción y espías gira alrededor de la Misión T, una guerra en las sombras que libran espías y agencias de inteligencia para prevenir la destrucción del mundo. Botan Negoro, entrenada como ninja desde la infancia, se ha convertido en una talentosa espía, que forma equipo con Kuruma, un espía grandes habilidades teatrales, en una misión para recuperar el Cristal Tesla, el «legado» del inventor Nikola Testla. Pero agentes de otros países también van tras el cristal, así que Botan y Kuruma tendrán que esforzarse para ser más astutos que ellos.
