Narra la historia de Natsume, un chico que ha sido capaz de ver yōkai desde que era pequeño. Desgraciadamente, los humanos le rehuyen y los yōkai tampoco son muy amigos suyos, precisamente. Un día, Natsume hereda de su abuela un Yūjin-Chō ("Libro de amigos"), lleno de contratos que su abuela hizo para atrapar yōkai. Cuando estos yōkai van apareciendo uno tras otro, Natsume intenta liberarlos o ayudarlos, aunque hay muchos que buscan venganza contra él.
