Está ambientada un año después de Destiny, y la lucha todavía continúa. Exiten movimientos independentistas y continúa la agresión de Blue Cosmos. Para lidiar con la situación, se crea la agencia COMPASS, con Lacus de presidenta. Como miembros de COMPASS, Kira y sus compañeros deben intervenir en diversas batallas regionales. Entonces Foundation, una nación recién creada, propone una operación conjunta contra la fortaleza de Blue Cosmos.
