Unos hackers intentan asesinar a un político durante un discurso a favor de las ventajas de las prótesis cibernéticas. Por suerte, Togusa está ahí para llevarla a un lugar seguro, y la investigación lleva a Batô a una sospechosa factoría en las islas artificiales del sur de Japón. Mientras tanto, el Jefe Aramaki se entera de un descubrimiento inquietante en el otro extremo del país: docenas de cuerpos artificiales, tirados ilegalmente cerca de un pueblo donde una secta anti-cibernetización lleva a cabo su entrenamiento y sus "ritos". Entre los cascarones vacíos, está uno que pertenecía a la mujer que personificaba la Sección 9 hasta su desaparición: la Mayor Motoko Kusanagi.
