Arata Hinohara, un estudiante de instituto japonés, intercambia su lugar con el Arata de un mundo llamado Amawakuni. Una ilusión oculta el cambio de la gente de ambos mundos, lo que les permite pasar el uno por el otro. En Amawakuni, el poder está en manos de la Princesa Kikuri, la única mujer del clan Hime y líder de los 12 Shinshō (portadores de divinidades elementales en forma de espadas-espíritu llamadas Hayagami), que ha governado durante 60 años. Pero ahora los 12 Shinshō, liderados por Kannagi, se han levantado contra ella para usar sus Hayagami sin limitaciones, y han incriminado a Arata. La Corte Imperial condena a Arata a exilio en la isla Gatoya, pero debido al intercambio, es Hinohara quien va en su lugar.
Kotoha, amiga de la infancia de Arata, le acompaña y le entrega Tsukuyo, una Hayagami que Hinohara activó antes del juicio, así como un talismán llamado Michihi no Tama, a través del cual puede comunicarse con Arata. Kikuri, que sobrevive solo gracias a sus poderes, también puede hablar con él a través del talismán y le encomienda restaurar el orden en Amawakuni.
Hinohara escapa de Gatoya, aprende a usar Tsukuya y gana aliados, incluido Kannagi, quien se ha visto traicionado por otro Shinshō, Akachi. Mientras va derrotando a otros rebeldes, descubre que Kadowaki, un matón que ya conocía, también ha intercambiado su lugar con Harunawa, uno de los Shinshō, ha activado una Hayagami, y está decidido a demostrar su superioridad frente a Arata.
Mientras tanto, en el Japón moderno, Arata se adapta al instituto y se hace amigo de Imina Oribe, una alumna que resulta ser una habitante de Amawakuni que intercambió su lugar con una chica japonesa 15 años atrás. Imina es la única superviviente de la matanza de las mujeres del Clan Hime perpetrada por Harunawa y, en consecuencia, es la heredera de Kikuri. Harunawa, haciéndose pasar por Kadowaki, planea matarla y acabar con la línea de Kikuri. Arata e Imina buscan información en las profecías para acabar con la ambición de los Shinshō de gobernar sobre Amawakuni y la Tierra.
